Bước 1: Cơ sở kiểm nghiệm nộp hồ sơ đăng ký chỉ định về Vụ Khoa học và Công nghệ.
Bước 2: Trong thời hạn không quá 10 ngày làm việc, kể từ khi nhận được hồ sơ, Vụ Khoa học và Công nghệ tiến hành thẩm định hồ sơ. Nếu hồ sơ không hợp lệ thì phải thông báo cho đơn vị nộp hồ sơ hoàn chỉnh hồ sơ theo quy định.
Bước 3: Trong thời hạn 15 ngày làm việc kể từ khi nhận được hồ sơ hợp lệ, cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền ký ban hành quyết định thành lập đoàn đánh giá cơ sở kiểm nghiệm.
Bước 4: Trong thời gian 05 ngày làm việc, kể từ khi kết thúc đánh giá tại cơ sở, đoàn đánh giá gửi kết luận cho cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền theo phụ lục 5 Thông tư 20/2013/TTLT-BYT-BTC-BNNPTNN
Bước 5: Trong thời hạn 15 ngày làm việc kể từ khi nhận được kết luận của đoàn đánh giá, cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền có trách nhiệm xem xét và chỉ định đơn vị kiểm nghiệm nếu đạt yêu cầu. Nếu không đạt yêu cầu, cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền phải có thông báo bằng văn bản về lý do không chỉ định cho cơ sở kiểm nghiệm.