Bước 1: Thương nhân khai báo hồ sơ đăng ký thương nhân lần đầu qua Hệ thống quản lý và cấp chứng nhận xuất xứ điện tử của Bộ Công Thương tại địa chỉ www.ecosys.gov.vn hoặc tại trang điện tử http://comis.covcci.com.vn của Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI), hoặc nộp trực tiếp hồ sơ tại trụ sở của Tổ chức cấp C/O.
Bước 2: Thương nhân đính kèm hồ sơ đề nghị cấp CNM tại www.ecosys.gov.vn hoặc tại http://comis.covcci.com.vn; hoặc nộp trực tiếp hồ sơ đề nghị cấp CNM tại trụ sở của Tổ chức cấp C/O nơi thương nhân đã đăng ký hồ sơ thương nhân; hoặc gửi hồ sơ qua bưu điện đến Tổ chức cấp C/O nơi thương nhân đã đăng ký hồ sơ thương nhân.
Bước 3: Tổ chức cấp C/O kiểm tra xem bộ hồ sơ đề nghị cấp CNM có hợp lệ hay không và thông báo cho thương nhân một trong các nội dung sau: 1. Đề nghị bổ sung chứng từ (nêu cụ thể những chứng từ cần bổ sung); 2. Đề nghị bổ sung các thông tin tối thiểu cần thể hiện trên CNM (nêu cụ thể thông tin cần kiểm tra); 3. Từ chối cấp CNM nếu phát hiện một trong những trường hợp sau: a) Thương nhân đề nghị cấp CNM chưa thực hiện việc đăng ký hồ sơ thương nhân theo quy định tại Điều 13 Nghị định số 31/2018/NĐ-CP ngày 08/3/2018 của Chính phủ quy định Luật Quản lý ngoại thương về xuất xứ hàng hóa (sau đây gọi là Nghị định số 31/2018/NĐ-CP); b) Hồ sơ đề nghị cấp CNM không đúng như quy định tại khoản 2 Điều 19 Nghị định số 31/2018/NĐ-CP hoặc có mâu thuẫn về nội dung; c) Thương nhân đề nghị cấp CNM chưa nộp chứng từ nợ từ lần cấp CNM trước đó; d) Thương nhân đề nghị cấp CNM có gian lận về xuất xứ từ lần cấp CNM trước đó và vụ việc chưa được giải quyết xong; đ) Mẫu CNM được khai bằng mực màu đỏ, viết tay, hoặc bị tẩy xoá, hoặc mờ không đọc được, hoặc được in bằng nhiều màu mực khác nhau.
Bước 4: Cán bộ Tổ chức cấp C/O kiểm tra thêm, nhập dữ liệu vào hệ thống máy tính và trình người có thẩm quyền ký cấp CNM.
Bước 5: Người có thẩm quyền của Tổ chức cấp C/O ký cấp CNM.
Bước 6: Cán bộ Tổ chức cấp C/O đóng dấu và trả CNM cho thương nhân