Bước 1: Thương nhân gửi hồ sơ đăng ký cấp Chứng thư xuất khẩu đến Bộ Công Thương qua hệ thống quản lý và cấp chứng nhận xuất xứ điện tử Ecosys (http://www.ecosys.gov.vn).
Bước 2: Bộ Công Thương kiểm tra tính hợp lệ, đầy đủ của hồ sơ.
Bước 3: Trong 08 (tám) giờ làm việc kể từ khi nhận được hồ sơ đầy đủ, Bộ Công Thương thông báo trên hệ thống điện tử kết quả xét duyệt hồ sơ.
Bước 4: Trường hợp đáp ứng cấp Chứng thư xuất khẩu, Bộ Công Thương trả Chứng thư xuất khẩu qua bưu điện hoặc trả trực tiếp theo đăng ký của thương nhân trên hệ thống điện tử trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc kể từ ngày thông báo chấp nhận cấp Chứng thư xuất khẩu.
Trường hợp không cấp Chứng thư xuất khẩu, Bộ Công Thương thông báo và nêu rõ lý do trên hệ thống điện tử. Đối với hồ sơ cần bổ sung, sửa đổi, thời hạn nộp bổ sung, sửa đổi hồ sơ là 02 (hai) ngày làm việc kể từ khi thương nhân nhận được thông báo; quá thời hạn trên hệ thống điện tử sẽ tự động hủy bỏ hồ sơ này.